Tras la conquista de Huesca, el Rey Pedro I donó a la Catedral de Roda una mezquita sobre cuyos restos se levanta, entre los S-XII y S-XIII, una iglesia en estilo románico que a ser consagrada a San Vicente. Según la tradición, en este lugar transcurre la infancia de San Vicente, en casa de sus abuelos, que vivían en el mercado, que en aquella época se encontraba en la actual plaza Urriens, aunque nace en una casa junto a la Puerta Nueva, en el lugar en que hoy se encuentra la iglesia de San Vicente el Real y, para diferenciarlas, a aquella se le denomina popularmente San Vicente Alto, por el hecho de situarse en la zona alta de la ciudad.
Con el paso de los siglos, la iglesia de San Vicente Alto se ha visto muy deteriorada, como suele ocurrir con aquellos templos que no tienen dedicación de parroquia. En el S-XVII, un grupo de monjas carmelitas, disidentes del Convento de San Miguel se instala, en 1.656, en una casa adyacente a este templo y se hace cargo de él. Pronto se queda pequeña para sus necesidades por lo que pretenden la adquisición de casas contiguas para hacer una ampliación. Su propietario, Juan Alberto de Ena, natural de Zuera, se niega a la venta por lo que, tras muchos pleitos, el municipio las expropia.
En 1895 se hacen reformas, a las que se debe la fachada actual, proyecto del arquitecto Federico Villasante. La construcción de la fachada supone el derribo de los últimos restos de la iglesia románica, entre ellos la torre, aunque se conserva, por imposición del Ayuntamiento, una inscripción conmemorativa de la victoria de Augusto. El artículo de Llanas Almudévar, publicado en el diario Nueva España de enero de 1974, se ilustra con un dibujo que muestra el aspecto de la iglesia de San Vicente previo a estas obras.
En 1936, una bomba causa daños en la iglesia. Las monjas recorren varios lugares de la ciudad como alojamiento provisional hasta que el obispo, D. Lino Rodrigo, autoriza su traslado a Zaragoza, donde permanecerán hasta su regreso a la ciudad en 1938
La iglesia actual tiene una sola nave, ligeramente irregular, con cuatro tramos y capillas entre los contrafuertes, cubierta con bóvedas de cañón con lunetos. La cabecera, poco profunda, es poligonal y los arcos descansan sobre pilastras dobles. El retablo mayor data de la época conventual, finales del S-XVII, y está dedicado a San Vicente y La Asunción, titulares de la iglesia y el convento. El vestíbulo está decorado con un tríptico obra del pintor Félix Lafuente.
Desde 1985 acoge la imagen de Jesús Nazareno. Después de recorrer varios templos de la ciudad, siempre con inconvenientes, por fin encontramos un lugar perfecto para que la imagen pudiera estar expuesta al culto. No tenemos palabras para expresar nuestro agradecimiento a las Hermanas Carmelitas por su acogimiento.
Durante años la imagen quedó alojada en una de las capillas laterales del lado del evangelio, sobre una mesa con faldones morados. Cuando el proyecto de la imagen de María Santísima de la Salud y de las Lágrimas se hizo realidad, en seguida se vio la necesidad de dignificar la exposición al culto de ambas imágenes.
Por este motivo, en 2017 la Cofradía proyecta diferentes obras y mejoras en el templo. En primer lugar se acomete la obra de realización de una nueva capilla para la imagen de la Virgen y se restauran piezas talladas, procedentes del almacén episcopal, históricamente bastante importantes, para decorar las capillas de ambas imágenes. Los trabajos los realizan SUMMA Conservación y Restauración SL y Fernando Fernández, artesano de madera y talla.
Las obras culminan con la solución de humedades y repintado de la iglesia. La inversión de la Cofradía en estas mejoras alcanza los 15.000 euros.
En 2019, terminados todos los trabajos proyectados, la Cofradía celebra el octogésimo aniversario de su fundación y se aprovecha la ocasión para la bendición de las nuevas capillas que acogen las imágenes de Jesús Nazareno y de María Santísima de la Salud y de las Lágrimas. El acto, que tuvo lugar el 10 de abril, fue presidido el Rvdmo Obispo de Huesca, D. Julián Ruiz Martorell.
